Antes do fechamento para obras, as exposições do Museu Paulista estavam passando por um processo de reformulação, de acordo com o Plano Geral de Exposições, estabelecido pela equipe técnico-científica da instituição.
Essa era a organização daquele momento:
As mudanças estão se dando tanto nas linhas conceituais de História e Museologia, como na revitalização dos acervos por meio de trabalhos de conservação e restauração.
O Plano Geral define a organização dos acervos, nas três principais alas de exposição, segundo as três linhas de pesquisa às quais o Museu se dedica.
No andar térreo, a Ala Oeste aborda, sob o prisma da História do Imaginário: os Descobrimentos; as viagens no período colonial; a São Paulo das igrejas, a capital administrativa e o espaço urbano em meados do século XIX.
No andar superior, a Ala Leste, girando em torno do Universo do Trabalho: a maquete do edifício, de 1885-1890, como objeto técnico; a ligação São Paulo-Santos na “era do café”; a São Paulo do comércio na virada para o século XX; o acervo de mobiliário sob a óptica de sua confecção.
Na Ala Oeste do andar superior, aspectos de Cotidiano e Sociedade: o espaço doméstico no final do século XIX e início do XX e numa segunda parte, os anos 1920 a 1950 em São Paulo.
Além dessas áreas, estão previstas: no andar térreo, uma Galeria dedicada à instalação ou fomento de serviços públicos na cidade de São Paulo no final do século XIX (Corpo de Bombeiros, Serviço Sanitário, Iluminação etc.), uma exposição permanente sobre a modernidade na virada para o século XX, tendo, como eixo, Santos Dumont e uma área de exposições temporárias. No subsolo, exposições rotativas de acervos do Museu Paulista.