O acervo de objetos do Museu Paulista compõe-se de ampla gama de artefatos – nacionais e estrangeiros – utilizados no Brasil e particularmente em São Paulo até 1950. A maioria provem do final do século XIX e da primeira metade do século XX, mas o contingente relativo ao período colonial também constitui conjunto considerável.
Na complementação dos acervos entende-se o objeto como documento e visa-se à formação de séries tipológicas e temáticas, de modo a permitir seu uso para pesquisas em torno de problemas históricos, na perspectiva dos estudos de cultura material.
Novos núcleos vêm sendo implantados, como o de brinquedos industrializados e o de ferramentas ligadas a ofícios urbanos; materiais de construção são coletados, em parte, em escavações arqueológicas.
O universo material da casa encontra nos móveis e porcelanas de aparato os conjuntos mais numerosos. Máquinas de costura, ferros de passar e utensílios vários remetem a outras dimensões da vida doméstica.
O tratamento seriado da indumentária e dos objetos de uso pessoal insere as construções de identidades individuais em práticas sociais.
Deslocamentos em espaço urbano ou rural são documentados pelos veículos, além dos petrechos para montaria.
As práticas religiosas encontram no acervo de arte sacra paulista seu núcleo mais expressivo.
Quanto às organizações públicas, uniformes e armaria documentam práticas e simbologia de diferentes corporações, assim como os equipamentos, no que diz respeito aos serviços urbanos.
Medalhística, numismática e filatelia são núcleos tradicionais da instituição.
Do todo podem ser extraídos alguns conjuntos temáticos, como os relativos a Independência, Guerra do Paraguai e Revolução de 32.
Algumas coleções pessoais de porte foram doadas ao Museu Paulista ao longo de sua história. Entre elas, as do engenheiro-arquiteto Tommaso Gaudenzio Bezzi, do inventor Santos Dumont, do diplomata José Carlos de Macedo Soares e das senhoras Olga de Souza Queiroz, Carmencita Bettenfeld Julien e Prado Guimarães.